O presente trabalho se utiliza de técnicas de controle ótimo, uma ferramenta matemática muito potente, baseada no Princípio de Máximo de Pontryagin, para analisar dinâmicas da estrutura de proteínas. A partir de um modelo dinâmico para os átomos encontrados na espinha dorsal do polipeptídeo, analisam-se as consequências de consideração de uma dinâmica controlada por métodos de controle ótimo. São analisados dois casos. No primeiro, o termo inercial é considerado como pequeno diante do termo de fricção. No segundo caso, as diferençaas entre as massas dos sítios atômicos são consideradas como sendo pequenas.
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